Śledztwo IPN
Zawieszone w 1991 r. śledztwo - sprawą zajmowała się Okręgowa Komisja Badania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu - zostało podjęte przez Prokuraturę Okręgową w Suwałkach 12 X 2001 r., a 16 X 2001 r. przekazane zostało, zgodnie z kompetencjami, Oddziałowej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu białostockiego Oddziału Instytutu Pamięci Narodowej. Prowadził je prokurator Tomasz Kamiński.
W Oddziałowej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu w Białymstoku prowadzone jest śledztwo
(S 69/01/Zk) w sprawie zbrodni popełnionych w lipcu 1945 r. w wyniku tzw. Obławy Augustowskiej. W śledztwie ustalono, że operacja była prowadzona przez 81 Korpus 50 Armii i 62 dywizja Wojsk Wewnętrznych NKWD do spraw ochrony tyłów Armii Czerwonej. Z polskich jednostek użyte zostały dwie kompanie 1 Pułku Praskiego w sile 160 ludzi.
4 stycznia 1995 r. Prokuratura Wojskowa Federacji Rosyjskiej w piśmie skierowanym do Ambasady Rzeczypospolitej Polskiej w Moskwie podała, iż w wyniku pacyfikacji terenów Polski północno-wschodniej i części terytorium obecnej Litwy zatrzymano czasowo około 7000 osób w ramach "wykrycia i unieszkodliwiania formacji antyradziecko nastawionej Armii Krajowej". Potwierdzono przy tym aresztowanie części osób z tej grupy przez organa "Smiersz"
III Frontu Białoruskiego. Grupa ta liczyła 592 osoby, których dalszy los, zgodnie z treścią wzmiankowanej informacji, jest nieznany. W stosunku do 575 osób "wszczęto postępowanie karne i prowadzono śledztwo", "oskarżenia przeciwko wymienionym obywatelom polskim nie zostały wniesione, sprawy karne nie zostały skierowane do sądu". W piśmie strona rosyjska podała, iż w państwowych archiwach FR nie udało się ustalić jakichkolwiek informacji
o losach osób zatrzymanych, a osoby odpowiedzialne za przeprowadzenie tej operacji wojskowej nie żyją.
Zaznaczyć należy, iż aby odtworzyć losy osób zaginionych i wskazać miejsce ich pochówku, niezbędne jest dotarcie do informacji przechowywanych w archiwach rosyjskich, dotyczących działalności 62 dywizji Wojsk Wewnętrznych NKWD oraz jednostek wchodzących w skład 50 Armii Wojsk ZSRR, w tym przede wszystkim 81 Korpusu. Z tych względów już w dniach 24 lipca 2003 r. i 10 marca 2006 r. prokuratorzy OKŚZpNP w Białymstoku zwracali się
o pomoc prawną do Rosji, o nadesłanie m.in. odpisów tych archiwalnych materiałów. Strona rosyjska w odpowiedziach na wnioski stwierdziła, że nie dysponuje nowymi informacjami w tej sprawie.
17 lipca 2009 r. wystąpiono z kolejnym wnioskiem o pomoc prawną do Rosji. Zawierał on prośbę o przeprowadzenie przez stronę rosyjską kwerend w archiwach, w celu odnalezienia wszelkiej dokumentacji związanej z przedmiotową operacją wojskową. Dopiero 9 sierpnia 2011 r. do OKŚZpNP w Białymstoku wpłynęło pismo Prokuratury Generalnej FR datowane na 25 lipca 2011 r. informujące, że Prokuratura Generalna FR nie dysponuje żadnymi informacjami dotyczącymi obławy oprócz tych, które już przekazała.
Ponadto opracowano i skierowano 23 września 2010 r. wniosek o pomoc prawną do Republiki Białorusi, w którym zwrócono się o przeprowadzenie kwerend w tamtejszych zbiorach archiwalnych, a także zwrócono się m.in.
z wnioskiem o ustalenie, czy na obszarze twierdzy Grodno i w okolicznych wsiach odnotowano w lipcu lub na początku sierpnia 1945 r. fakt przeprowadzenia jakichkolwiek działań świadczących o możliwości dokonania likwidacji
i pochówku grupy około 600 ludzi. W odpowiedzi, Generalna Prokuratura RB wskazała, iż wyżej wymieniona pomoc prawna nie może zostać udzielona, albowiem byłoby to sprzeczne z podstawowymi zasadami prawnymi obowiązującymi na ich terytorium, jako że do przestępstw popełnionych na terenie Białorusi stosuje się tamtejsze prawo karne i ich jurysdykcja. 23 stycznia 2009 r. podobny wniosek o udzielenie pomocy prawnej skierowano do Prokuratury Generalnej Republiki Litwy. Strona litewska przesłała stronie polskiej kopie dokumentów, które zostały już wcześniej pozyskane przez prokuratora OKŚZpNP w Białymstoku w toku kwerend w Centralnym Archiwum Wojskowym w Rembertowie.
14 czerwca 2011 r. OKŚZpNP w Białymstoku wysłała do Prokuratury Generalnej FR kolejny wniosek o udzielenie pomocy prawnej w postaci m.in. przesłania uwierzytelnionych kopii dokumentów przechowywanych w Centralnym Archiwum FSB w Moskwie w postaci szyfrotelegramu Naczelnika Głównego Zarządu Kontrwywiadu "Smiersz" Wiktora Abakumowa, datowanego na 21 lipca 1945 r., w którym informuje on Ławrentija Berię o planowanej likwidacji 592 osób zatrzymanych w rejonie Puszczy Augustowskiej przez wydzieloną grupę operacyjną wojsk Wydziału "Smiersz"
III Frontu Białoruskiego.
W toku śledztwa ustalono, iż w Centralnym Archiwum FSB przechowywany jest szyfrotelegram Wiktora Abakumowa, numer 25871, w którym informuje on Ławrentija Berię o ilości broni zabranej członkom AK, oraz że zatrzymano dowódcę, Polaka o nazwisku Krupiński, urodzonego w 1906 r., pseudonim "Grom". Szymon Krupiński, syn Antoniego i Karoliny, urodzony 16 kwietnia 1906 r. w Staroświęcianach, figuruje na opracowanej przez OKŚZpNP w Białymstoku liście osób zaginionych w Obławie Augustowskiej. W toku śledztwa ustalono nadto, iż osobami odpowiedzialnymi za przeprowadzenie likwidacji zatrzymanych obywateli polskich, członków AK, byli: Naczelnik I Wydziału Głównego Zarządu Zarządu Kontrwywiadu Wojskowego "Smiersz" przy Ludowym Komisariacie Obrony ZSRR generał major Iwan Iwanowicz Gorgonow oraz naczelnik Zarządu Kontrwywiadu Wojskowego "Smiersz" przy LKO ZSRR III Frontu Białoruskiego generał lejtnant Paweł Wasiljewicz Zelenin.
Ustalono, że Iwan Iwanowicz Gorgonow, narodowości rosyjskiej, od 1946 do 1951 r. był naczelnikiem Urzędu Ministerstwa Bezpieczeństwa Państwowego Obwodu Moskiewskiego. Zmarł w 1994 r.
Ustalono też, że Paweł Wasiljewicz Zelenin, narodowości rosyjskiej, urodził się w 1902 r. i w okresie od 1944 r. do lipca 1945 r. był szefem Zarządu Kontrwywiadu Wojskowego "Smiersz" III Frontu Białoruskiego. Zmarł w 1965 r.
1 grudnia 2011 r. przesłano do Prokuratury Generalnej RP wniosek uzupełniający o udzielenie pomocy prawnej przez Prokuraturę Generalną FR poprzez nadesłanie do akt śledztwa urzędowego odpisu ww. szyfrotelegramu Abakumowa i urzędowych odpisów materiałów wszczętych i przeprowadzonych śledztw wobec osób zatrzymanych podczas Obławy Augustowskiej oraz urzędowych odpisów akt osobowych oraz aktów zgonów Iwana Gorgonowa
i Pawła Zelenina. Przedmiotowy wniosek o pomoc prawną Prokuratura Generalna RP wysłała 29 grudnia 2011 r. Strona rosyjska dotąd nie odpowiedziała na nasze wnioski o pomoc prawną z czerwca i grudnia 2011 r.
Na podstawie szyfrotelegramu numer 25212 z 21 lipca 1945 r. Naczelnika Głównego Zarządu Kontrwywiadu Wojskowego "Smiersz" przy Ludowym Komisariacie Obrony ZSRR Wiktora Abakumowa ustalono, iż w lipcu 1945 r. 514 osób zatrzymanych podczas Obławy Augustowskiej, określonych jako "Litwini", zostało przekazanych funkcjonariuszom Ludowego Komisariatu Spraw Wewnętrznych oraz Ludowego Komisariatu Bezpieczeństwa Państwowego Litewskiej SRR. 16 lipca 2012 r. Prokuratura Generalna RP przekazała Prokuraturze Generalnej Republiki Litwy wniosek OKŚZpNP w Białymstoku o pomoc prawną, dotyczący ustalenia przez stronę litewską, co się stało z tymi osobami. Z odpowiedzi z 13 maja 2013 r. otrzymanej z Prokuratury Okręgowej w Wilnie wynikało, że w ich archiwach nie ma dokumentów dotyczących tych 514 osób. Przesłano jedynie dokumenty związane z Obławą, które już w 2004 r. zostały odnalezione w CAW i dołączone do akt śledztwa.
W październiku 2012 r. wysłano zapytanie do Centralnego Archiwum Wojskowego w Rembertowie, czy dysponuje ono zdjęciami lotniczymi z roku 1945 i z lat późniejszych terenów obejmujących polską granicę państwową
z obwodem kaliningradzkim w rejonie powiatu gołdapskiego i powiatu węgorzewskiego, a w szczególności granicy
z rejonem Oziorska (Darkiejemy) w obwodzie kalinigradzkim, drogi kołowej i kolejowej Augustów-Grodno, siedzib PUBP w Augustowie i Suwałkach, koszar wojskowych w Augustowie oraz czy dysponują informacjami o położeniu wojskowych lotnisk Armii Czerwonej i Wojska Polskiego z okresu od czerwca do sierpnia 1945 r., usytuowanych na terenie powiatów: oleckiego, gołdapskiego, węgorzewskiego, ełckiego, suwalskiego, sejneńskiego, augustowskiego
i sokólskiego.
27 maja 2013 r. uzyskano odpowiedź z CAW, z której wynika, że ww. zdjęcia lotnicze nie są w dostateczny sposób zewidencjonowane, co utrudnia ich odnalezienie.
Od rosyjskiego historyka Nikity Pietrowa uzyskano pisemną odpowiedź rosyjskiej prokuratury na wniosek Stowarzyszenia "Memoriał" o przeprowadzenie procesu rehabilitacji 14 osób zatrzymanych podczas Obławy Augustowskiej, z której wynika, iż Główna Prokuratura Wojskowa Federacji Rosyjskiej nie widzi podstaw do rehabilitacji tych osób, gdyż w archiwach na ma spraw karnych, które ich dotyczą.
W dniach 3 i 12 lipca 2013 r. zwrócono się do Katedry Medycyny Sądowej Pomorskiego Uniwersytetu Medycznego w Szczecinie, Polskiej Bazy Genetycznej Ofiar Totalitaryzmu oraz do Zakładu Medycyny Sądowej Uniwersytetu Medycznego w Białymstoku o podanie kosztów przeprowadzenia badań profilów genetycznych członków rodzin ofiar Obławy Augustowskiej, gdyż w śledztwie S 69/01/Zl rozważane jest pozyskanie takiego materiału w celu wykorzystania przedmiotowych profilów po ewentualnym odkryciu szczątków kostnych ofiar "Obławy Augustowskiej".
W śledztwie przesłuchano dotąd około 700 świadków.
Na przełomie 2013 i 2014 r. pobrano materiał biologiczny do badań DNA od członków rodzin ofiar Obławy Augustowskiej.
