1945-1947
W kraju panował chaos. W lutym 1945 r. Rząd Tymczasowy przeniósł się do Warszawy. Na terenie całego obszaru trwała akcja organizowania sił bezpieczeństwa i milicji, które uzupełniały działający na rdzennych ziemiach polskich radziecki aparat NKWD. Rozwiązanie Armii Krajowej rozkazem z 19 stycznia 1945 roku oznaczało formalne przejęcie aktywności konspiracyjnej przez szkieletową organizację „NIE”. Tymczasem brak kontaktu ze zwierzchnikami, porwane sieci łączności, odcięcie od informacji sprawiły, iż z konieczności powstały nowe grupy polityczne i wojskowe, nowe ośrodki oporu. Ludzie zagrożeni uwięzieniem i wywozem na Syberię uciekali do lasu tworząc nowe oddziały partyzantki niepodległościowej, która przechodziła od samoobrony do pojedynczych wypadów na posterunki MO czy placówki UBP, biorąc odwet za represje.
Po powrocie do kraju Witold Pilecki podobnie jak i cały naród był przekonany, że „polscy” (pełniący obowiązki Polaków) komuniści są agentami wrogiego mocarstwa. Stąd wierność złożonej przysiędze nakazywała mu służyć prawowitemu rządowi Rzeczypospolitej Polskiej i jej dowództwu wojskowemu. Zaczął nawiązywać kontakty organizacji „NIE”, która jednak faktycznie nie rozwinęła działalności. Poza tym została ujawniona jej struktura działania w czasie moskiewskiego procesu 16 przywódców Polski Podziemnej w kwietniu 1945 r. Gen. Władysław Anders 15 kwietnia 1945 r. rozwiązał organizację „NIE”.
Podjęta decyzja nie rozwiązywała nabrzmiałych problemów: troski o los tysięcy żołnierzy AK, przeciwstawienie się propagandzie dążącej do zniszczenia dorobku Polskiego Państwa Podziemnego, powstrzymanie odruchów determinacji i wskazania obywatelskiej postawy ideowej w nowych warunkach odbudowy kraju. Próbując temu sprostać płk Jan Rzepecki wraz ze współpracownikami delegatury Sił Zbrojnych 2 września 1945 r. powołali do istnienia „Ruch oporu bez wojny i dywersji – Wolność i Niezawisłość”. Była to organizacja społeczno-polityczna, która wzywała do opozycji ale bez broni w ręku. Po aresztowaniu prezesa płk Rzepeckiego, WiN kontynuowało działalność pod kierownictwem płk Józefa Rybickiego oraz płk Franciszka Niepokólczyckiego.
Rozwiązanie „NIE” zmusiło Witolda Pileckiego do zaczynania od początku: lokalizacji w nowych warunkach i powolnego, systematycznego montowania siatki łączności. Współpracowników dobierał z byłych żołnierzy TAP i oświęcimskiej konspiracji. Przy ich pomocy zdobywał tajne i poufne informacje na temat życia gospodarczego kraju, działania NKWD i komunistów, narastania terroru, fałszerstw w polityce, sytuacji oddziałów leśnych, z którymi kontaktował się osobiście lub przez kurierów. Cały materiał był fotografowany i przekazywany kurierom, którzy oddawali go w II Korpusie.
W tym czasie „Roman Jezierski” wiele uwagi poświęcał także gromadzeniu i opracowywaniu wspomnień o organizacji konspiracyjnej w obozie KL Auschwitz. Do tej pracy zmusiło go fałszywe przedstawianie obozowej rzeczywistości z czym zaczął się spotykać na co dzień.
Z żoną kontaktował się tylko co dwa tygodnie, w czasie przyjazdu do Warszawy, gdy dokonywała zakupu książek do księgarni prowadzonej w Ostrowi Mazowieckiej. Nocowała wtedy w mieszkaniu wynajmowanym przez męża. Na swoje utrzymanie „Roman Jezierski” sam zarabiał prowadząc z Marią Szelągowską wytwórnię wód perfumowanych i projektując do nich etykietki. Pracował też na etacie magazyniera w firmie budowlanej Swobodzińskiego przy ul. Kaliskiej.
Władze komunistyczne kontynuowały akcje przeciw polskiemu podziemiu. W ciągu kilku miesięcy 1946 r. stracono ogółem 120 członków różnych organizacji podziemnych. Aresztowania dotykały żołnierzy, którzy ujawnili się po kolejnej amnestii ogłoszonej 2 sierpnia 1945 r. rozpropagowanej jako akt „dobrej woli” Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej.
W czerwcu 1946 r. Witold Pilecki otrzymał za pośrednictwem emisariuszki z Włoch wydany przez gen. Andersa rozkaz wyjazdu na Zachód, gdyż jest spalony i poszukiwany. W sierpniu tę wiadomość potwierdził Bolesław Niewiarowski. Jednak „Roman Jezierski” ociągał się z podjęciem decyzji z dwóch powodów: tu miał rodzinę, a żona odmówiła wyjazdu z dziećmi, choć sama nalegała na jego wyjazd; oraz nie było odpowiedniego kandydata na jego miejsce. Na początku 1947 r. szef sztabu II Korpusu gen. Kazimierz Wiśniowski odwołał poprzedni rozkaz i zatwierdził pracę Witolda Pileckiego w kraju.
Tymczasem „władza ludowa” dążąc do całkowitego zwycięstwa na ziemiach polskich posługiwała się zdradą i prowokacją, które stanowiły główny atut sukcesów sił bezpieczeństwa „Polski Lubelskiej”. W drugiej połowie 1946 r. rozbite zostały większe oddziały partyzanckie (Kurasia, Bernaciaka), w listopadzie aresztowano płk Niepokólczyckiego. Aresztowania dotykały nie tylko ludzi podziemia, ale także członków stronnictw politycznych szczególnie Polskiego Stronnictwa Ludowego. Środkiem służącym zastraszeniu społeczeństwa były pokazowe procesy działaczy podziemia zakończone wyrokami śmierci. W styczniu 1948 r. stracono przywódców Narodowego Zjednoczenia Wojskowego, w marcu członków Komendy Głównej NSZ, w sierpniu płk Niepokólczyckiego i jego współpracowników.
Również w przypadku Witolda Pileckiego i jego bliskich współpracowników użyto tych wypróbowanych sposobów. Do WiN wprowadzono agenta, Leszka Kuchcińskiego, byłego żołnierza TAP i poddano ją dłuższej inwigilacji. Przy jego pomocy MBP chciało rozpoznać siły i środki jakimi dysponowała grupa Pileckiego, by skutecznie skompromitować podziemie „bandycką działalnością”, przez próbę podsunięcia likwidacji filarów MBP: J. Różańskiego, J. Brystygierowej, R. Romkowskiego, J. Czaplickiego, G. Korczyńskiego – tzw. raport „Brzeszczota”. Ów raport miał politycznie i moralnie zniszczyć całą organizację. Prowokacja się jednak nie udała; „Roman Jezierski” przesłał raport na Zachód i czekał na instrukcje z II Korpusu.
