Ostatnią misją „Inki” była podróż do Malborka, Gdańska i Olsztyna. Zlecił ją por. „Leszek”, zastępca „Żelaznego”. Sam „Żelazny” już wtedy nie żył, o czym zresztą jego podkomendni wówczas jeszcze nie wiedzieli. Sanitariuszka miała zdobyć lekarstwa potrzebne oddziałowi i dowiedzieć się, dlaczego „Żelazny” tak długo nie wracał. Wyruszyła 13 lipca ze wsi Zwierzyniec z domu zaprzyjaźnionych z partyzantami Łytkowskich w towarzystwie Henryka Kazimierczaka „Czajki”. Po wykonaniu zadania miała stawić się 20 lipca w Lipowej Tucholskiej. Dowódca Olgierd Christa „Leszek” tak ją zapamiętał z dnia, w którym wyruszała w podróż: „W pożyczonej od gospodyni sukience wyglądała bardziej dziewczęco niż zazwyczaj. Na co dzień chodziła, jak wszystkie »siostry«, w spodniach i długich butach, nigdy w spódnicy […]”. Pierwszym celem podróży był Malbork.
„Udałam się więc do Malborka – zeznawała „Inka” – gdzie spotkałam syna Tarasiewiczowej, który zakomunikował mi, że matka jego jest aresztowana, a »Żelazny« prawdopodobnie zginął pod Sztumem. Z Malborka udałam się do Olsztyna, aby potwierdzić wiadomość o »Żelaznym«. Jednak »Stopki« nie zastałam, gdyż został on aresztowany, a żona jego nic nie wiedziała na ten temat, przyjechałam więc do Wrzeszcza”.
Choć w Gdańsku mieszkali jej bliscy krewni: siostra Irena i wujek Bruno Tymiński, studiujący na Politechnice Gdańskiej, „Inka” zatrzymała się w jednym z lokali konspiracyjnych u pochodzących z Wilna sióstr Mikołajewskich, w Gdańsku-Wrzeszczu przy ul. Wróblewskiego 7. Wieczór i noc z 19 na 20 lipca przebiegły w radosnej atmosferze, wypełnionej rozmowami i śpiewaniem piosenek.
Dom obserwowali funkcjonariusze UB, którzy nad ranem wkroczyli do mieszkania i aresztowali „Inkę”. Adres zdradziła im łączniczka „Łupaszki” Regina Żylińska-Modras, którą zatrzymano 20 kwietnia 1946 r. i skłoniono do współpracy z bezpieką. Zachowało się postanowienie o osadzeniu Iny Zalewskiej w gdańskim więzieniu karno-śledczym sporządzone 20 lipca przez prokuratora dr. praw kpt. Adolfa Brunickiego. W dokumentach z 31 lipca wymieniono już prawdziwe nazwisko „Inki”.
Śledczy z Wojewódzkiego Urzędu Bezpieczeństwa Publicznego w Gdańsku chcieli od Siedzikówny uzyskać wszystkie informacje na temat działalności oddziału mjr. „Łupaszki” i osób, które im pomagały. By zmusić ją do zeznań, zastraszano ją, poniżano i torturowano, czego świadkami były osoby, które zetknęły się z nią w gdańskim więzieniu.
Jedenastego dnia po aresztowaniu Andrzej Stawicki, oficer śledczy WUBP w Gdańsku, sporządził akt oskarżenia. 31 lipca wnioskował o skazanie „Inki” na karę śmierci. Sprawę miał rozstrzygnąć Wojskowy Sąd Rejonowy w Gdańsku. Siedzikównie zarzucono atak z użyciem broni palnej na milicjanta Longina Ratajczaka podczas potyczki koło wsi Podjazdy i zachęcanie do zabicia funkcjonariuszy UB w czasie akcji w Tulicach, a także posiadanie broni bez zezwolenia.
O trybie postępowania sądowego w połowie lat czterdziestych XX w. wiele mówi wniosek Józefa Bika, naczelnika Wydziału Śledczego WUBP w Gdańsku z 2 sierpnia 1946 r., skierowany do wojskowego prokuratora rejonowego w Sopocie o zastosowanie trybu doraźnego: „Proszę jednocześnie o uzgodnienie z Prezesem Sądu terminu wyznaczenia rozprawy na dzień 3 sierpnia 1946 r. w związku z tym, iż świadkowie zostali wezwani na rozprawę za pomocą telefonogramów, na powyższą datę”. Narzucenie przez funkcjonariusza WUBP sądowi trybu postępowania nie wzbudziło zastrzeżeń sędziów. Posiedzenie WSR w sprawie Danuty Siedzikówny odbyło się w dniu wskazanym przez oficera WUBP. Składowi sędziowskiemu przewodniczył mjr Adam Gajewski. Obok zasiedli asesor WSR kpt. Karzimierz Władysław Nizio-Narski i ławnik kpr. Wacław Machola. Jako prokurator wystąpił chor. Wacław Krzyżanowski. Funkcję obrońcy z urzędu pełnił mec. Jan Chmielewski.
Na pierwszej i – jak się okazało – jedynej rozprawie sędzia odczytał akt oskarżenia przygotowany w WUBP. „Inka” nie miała możliwości wcześniejszego zapoznania się z tym dokumentem. Nie przyznała się do zarzucanych jej czynów – strzelania do milicjanta i podżegania do zabicia funkcjonariuszy UB. Następnym elementem rozprawy było odczytanie zeznań nieobecnych świadków oskarżenia oraz wysłuchanie tych, którzy przybyli. Niemal wszyscy złożyli obciążające ją zeznania. Ona sama nie zaprzeczała, że należała do oddziału i przez kilka tygodni dysponowała bronią, na którą nie miała pozwolenia władz. Pytania zadawane przez adwokata sugerują, że próbował on budować linię obrony na stwierdzeniu, że jego klientka przystąpiła do oddziału pod przymusem, gdyż skłonił ją do tego narzeczony Henryk Wojczyński „Mercedes”, nie miała przeszkolenia wojskowego i nie uczestniczyła w działaniach zbrojnych. Sama Siedzikówna przyznała się tylko do jednego działania militarnego, do kontrolowania pomieszczenia telegrafu na stacji w miejscowości Bąk.
Po złożeniu i odczytaniu zeznań przez świadków oskarżenia prokurator wystąpił z wnioskiem o uznanie zarzuconych czynów za udowodnione i wydanie wyroku śmierci. Wszystkie opisane czynności procesowe trwały zaledwie dwie godziny. O godz. 18.00 sąd udał się na naradę. Pół godziny później ogłosił wyrok – zgodny z wnioskiem oskarżenia.
