Wyrok został wykonany 28 sierpnia 1946 r. o godzinie 6.15 w piwnicy gdańskiego aresztu w obecności prokuratora mjr. Wiktora Suchockiego, lekarza kpt. Mieczysława Rutkowskiego, dowódcy plutonu egzekucyjnego ppor. Franciszka Sawickiego, naczelnika więzienia Jana Wójcika i jego zastępcy Alojzego Nowickiego oraz księdza Mariana Prusaka. Według zgodnych relacji księdza Prusaka i Alojzego Nowickiego zarówno „Zagończyk”, jak i w tym samym czasie rozstrzeliwana „Inka”, mimo iż wyjątkowo pluton egzekucyjny liczył dziesięciu żołnierzy KBW, nie zginęli po komendzie „Po zdrajcach narodu polskiego, ognia!”. Jedynie „Zagończyk” został zraniony. Oboje zginęli, patrząc oprawcom prosto w oczy, gdyż nie wyrazili zgody na zawiązanie wokół głowy opaski. Kiedy dobijał ich strzałem z bliskiej odległości ppor. Franciszek Sawicki, wypowiedzieli ostatnie słowa: „Niech żyje Polska!”.
Obecny przy egzekucji ksiądz zapamiętał spotkanie z „Zagończykiem” na całe życie. Zaprowadzony przez funkcjonariusza więzienia do celi skazańca, zobaczył leżącego na pryczy mężczyznę. Więzień w momencie wejścia kapłana wstał i z wyczuwalnym w głosie smutkiem powiedział: „No tak, jednak nie skorzystano z prawa łaski…”. Ksiądz Prusak zapamiętał twarz „Zagończyka” jako „zamkniętą pozornie na emocje, napiętą w wyrażanej mimice, jeszcze na tym świecie, duszą już przy jego bramach”.
Krótko przed śmiercią, rano w dniu wykonania egzekucji, „Zagończyk” napisał ostatni list skierowany do szwagra oraz syna. List, pozostający w posiadaniu rodziny, stanowi bardzo cenną pamiątkę. Nie wiemy, jak dostarczono go szwagrowi „Zagończyka” Bernardowi Skoczykowi. Synowa „Zagończyka” twierdzi, że przekazał go rodzinie strażnik więzienny, który pozostawał w zmowie z „Zagończykiem”. Ustalili, że po śmierci strażnik wyjmie go z kieszeni jego marynarki. Dziwi jednak format listu – kartka A4. Bardziej prawdopodobne jest, że strażnik więzienny dostarczył papier kancelaryjny i zabrał od skazanego korespondencję, którą następnie dostarczył adresatowi. O istnieniu listu syn dowiedział się po roku 1956, kiedy otrzymał go od wuja. Wówczas jego treść wywarła na Feliksie Selmanowiczu juniorze ogromne wrażenie i wywołała wzruszenie.
