W wyniku donosu Reginy Żylińskiej, która podczas pobytu w więzieniu zobowiązała się do współpracy z Urzędem Bezpieczeństwa, na początku lipca 1946 r. zlikwidowano patrol „Zagończyka”, najpierw aresztując dowódcę, a potem pozostałych członków grupy.
Należy wspomnieć, że Wacław Beynar „Orszak” wcześniej niż inni miał pewne przypuszczenia odnośnie współpracy „Reginy” z UB. Swoją obawę wyraził w meldunku z 23 lipca 1946 r. skierowanym do mjr. „Łupaszki”. Pisał o spotkaniu, które miało miejsce w pociągu jadącym z Malborka do Olsztyna. Wówczas „Regina” opowiadała o swoim pobycie w areszcie. Twierdziła, że była dobrze traktowana przez funkcjonariuszy i że ma pewne możliwości, żeby pomóc organizacji. Jako że też miał za sobą pobyt w areszcie, nie uwierzył w dobre traktowanie więźniów. Jednak przysłuchujący się tej rozmowie „Zagończyk” nie podzielał obaw „Orszaka”. Wręcz przeciwnie, skierował je w stronę kolegi, który już wcześniej przyznał się „Łupaszce”, że podpisał deklarację współpracy, żeby wydostać się na wolność.
Urząd Bezpieczeństwa był wówczas doskonale zorientowany w zakresie działań 5. Wileńskiej Brygady AK. UB znało też nazwiska i adresy osób współpracujących z „Zagończykiem”. Dane te przekazała „Regina”, wtajemniczana w różne sprawy z racji zadań, jakie wykonywała, oraz zaufania, jakie wzbudzała wśród partyzantów. Zeznania zatrzymanych miały tylko potwierdzić albo uzupełnić zdobyte informacje.
Feliks Selmanowicz został ujęty przez UB w Sopocie w mieszkaniu konspiracyjnym należącym do matki jednego z podkomendnych – Leszka Krzywickiego – położonym przy ul. Mickiewicza 45 w nocy 8 lipca 1946 r. o godz. 1.15. Podobno podczas podjętej przez niego próby ucieczki zginęło trzech funkcjonariuszy UB. Dariusz Fikus podaje, że „Zagończyka” aresztowano w Sopocie przy ul. Żeromskiego. Mimo że był chory, doszło do strzelaniny, w wyniku której zginął chorąży UB Tadeusz Rybski i dwóch innych funkcjonariuszy. Natomiast w propagandowej publikacji Jana Babczenki (byłego szefa PUBP w Kościerzynie) i dziennikarza Rajmunda Bolduana zamieszczony został dość dokładny opis aresztowania oraz podjętej wcześniej próby ucieczki, która zakończyła się strzelaniną funkcjonariuszy UB z funkcjonariuszami MO. Następnego dnia zmarł Tadeusz Rybski postrzelony przez milicjanta wchodzącego do willi, w której urządzono „kocioł”. Oprócz niego zostało jeszcze rannych dwóch funkcjonariuszy UB oraz jeden milicjant. „Zagończyka” aresztowano dwa dni po nieudanej próbie ucieczki i tragicznej dla resortu bezpieczeństwa pomyłce. Pracownicy Urzędu Bezpieczeństwa, chcąc wzbudzić w „Zagończyku” podejrzenia odnośnie współpracy z właścicielką mieszkania, celowo jej nie aresztowali. Zabieg przyniósł pożądany skutek, gdyż według UB Selmanowicz uwierzył w zdradę matki Krzywickiego. Z podanych wersji wydarzeń towarzyszących aresztowaniu „Zagończyka” bardziej prawdopodobna wydaje się pomyłka funkcjonariuszy UB i MO, gdyż w żadnym protokole przesłuchań ani w wyroku śmierci nie postawiono Selmanowiczowi zarzutu zabójstwa lub zranienia przedstawicieli resortu bezpieczeństwa. A przecież żołnierz „Łupaszki” nie mógł raczej liczyć w tym przypadku na wspaniałomyślność sądu.
Po zatrzymaniu „Zagończyk” został przewieziony do Aresztu Śledczego w Gdańsku, osadzony w pionie śledczym, a następnie poddany licznym przesłuchaniom. Na podstawie relacji więźniów aresztu w Gdańsku można się domyślać, że śledztwo było prowadzone w sposób brutalny. Z dokumentów wynika, że pierwsze przesłuchanie odbyło się 8 lipca 1946 r. w obecności ppor. Stanisława Majewskiego.
Niezweryfikowane źródła podają, że „Zagończyk” jeszcze w lipcu, w trakcie jednego z przesłuchań, podjął próbę ucieczki. W tym czasie teren aresztu nie był dostatecznie ogrodzony betonowym murem, a w jego sąsiedztwie znajdowały się ogródki oraz pastwiska dla krów i koni. „Zagończyk” wyskoczył przez okno, wsiadł na jednego z pasących się koni i zmierzał w kierunku ul. 3 Maja, ale tuż przed opuszczeniem terenu więziennego został zatrzymany przez wartownika. O próbie ucieczki wspominają również Jan Babczenko oraz Rajmund Bolduan, ale przedstawiają ją, co nie dziwi, zupełnie inaczej. Otóż według nich „Zagończyk” uciekł przez małe okno toalety, do której został zaprowadzony przez funkcjonariusza UB. Poszukiwany przez kilkanaście osób, został po kilku godzinach odnaleziony w stojącym pod murem więzienia nieczynnym kotle kuchennym. Z kolei w pracy Dariusza Fikusa można znaleźć informację, że „Zagończyk” uciekł z celi i ukrył się we wspomnianym już wcześniej nieużywanym kotle kuchennym znajdującym się na podwórzu. Pytany o okoliczności ucieczki, miał tłumaczyć, że jest zbudowany jak kot, co ułatwia mu przeciskanie się przez kraty.